Wel.kom onderschrijft de governancecode sociaal werk. Deze code bevat normen voor goed bestuur en toezicht, bijvoorbeeld over kwaliteit, transparantie, integriteit, maatschappelijk draagvlak, financiële beheersing en interne en externe verantwoording.
Wel.kom kent een besturingsmodel met een raad van toezicht en een bestuur. Het bestuur is verantwoordelijk voor de realisatie van organisatiedoelstellingen, de strategie, de financiën en het naleven van wet- en regelgeving. Het bestuur legt verantwoording af aan de raad van toezicht. De raad van toezicht heeft als taak om integraal toezicht te houden op de besturing van de organisatie en op de algemene gang van zaken. De begroting en jaarrekening dienen beide jaarlijks door de raad van toezicht te worden goedgekeurd. Daarnaast fungeert ze als werkgever, klankbord en sparringpartner voor het bestuur.